À l'origine, le tamari était un sous-produit de la fabrication du hatcho-miso, une pâte de soja fermentée. La fabrication de la sauce de soja tamari s'apparente à celle duVinaigre balsamique ». Les graines fermentent pendant une période pouvant aller jusqu'à 36 mois. La pâte broyée est ensuite mélangée à une levure et à un peu de farine torréfiée.

Ce koji (levain) mûrit à environ 32 °C pendant une durée pouvant aller jusqu'à 5 jours. Le moromi (moût) est pressé puis versé en partie dans des fûts vieux de 50 ans. La sauce mûrit pendant 18 mois, voire plus.